L’ANPE est un établissement public à caractère industriel et commercial, créé en vertu de la loi n° 88-91 du 2 août 1988, sa tutelle ainsi que sa mission initiale ont fait l’objet d’une révision substantielle par la loi 92-115 du 30 Novembre 1992 et, conséquemment à la création d’un Ministère chargé de l’environnement et du développement durable.

Sous tutelle du Ministère chargé de l’Environnement, l’ANPE a pour missions générales de :

• Participer à l'élaboration de la politique générale du gouvernement en matière de lutte contre la pollution et de protection de l'environnement, et à sa mise en œuvre par des actions spécifiques et sectorielles ainsi que des actions globales s'inscrivant dans le cadre du plan national de développement
• Proposer aux autorités compétentes toute mesure revêtant un caractère général ou particulier et destinée à assurer la mise en œuvre de la politique de l'Etat en matière de lutte contre la pollution et de protection de l'environnement, et notamment les mesures tendant à assurer la préservation de l'environnement et à renforcer les mécanismes qui y conduisent, et en général à proposer les mesures de prévention des risques et des catastrophes naturelles ou industrielles
• Lutter contre toutes les sources de pollution et de nuisance et contre toutes les formes de dégradation de l'environnement.

Les compétences de l'Agence ont été modifiées suite à la création du MEAT, l'établissement des normes, la coordination des programmes et la représentation de la Tunisie au plan international ainsi que l'élaboration d'un plan d'urgence et d'intervention en cas de pollutions accidentelles sont transférés, désormais au Ministère.